Phim hoạt hình Thám Tử Lừng Danh Conan bắt đầu với một sự kiện xảy ra tại công viên giải trí nổi tiếng Tropical Land, nơi có trò chơi tàu lượn siêu tốc. Kudo Shinichi đang tiến hành điều tra một trong hai người đàn ông có vẻ ngoài khả nghi, được nghi ngờ liên quan đến vụ việc này.
Trong quá trình điều tra, anh bị tấn công bởi một trong số họ, người có bí danh là Gin, cùng với đồng bọn của hắn tên là Vodka. Sau khi đánh bại Shinichi, Gin đã cho anh ta một loại thuốc mang tên APTX 4869, với ý định giết chết anh. Tuy nhiên, chất độc này lại gây ra một tác dụng phụ hiếm gặp, biến Shinichi từ một thanh niên trưởng thành thành một đứa trẻ, thay vì thực hiện được mục đích giết người như Gin đã dự tính.
Sau sự cố nghiêm trọng này, Shinichi trở về nhà và lấy tên là Conan Edogawa, theo sự khuyến khích của người bạn thời thơ ấu, Ran. phim chiếu rạp Shinichi buộc phải nỗ lực để giấu kín danh tính thật sự của mình khỏi những người mà anh yêu quý, đồng thời tiếp tục điều tra về tổ chức Áo Đen, nơi có liên quan đến vụ tấn công của Gin và Vodka.