Phim hoạt hình Thám Tử Lừng Danh Conan bắt đầu tại công viên giải trí Tropical Land, nơi có trò chơi tàu lượn siêu tốc. Kudo Shinichi, một thám tử trẻ tuổi, đang theo dõi một vụ việc nghi ngờ liên quan đến hai người đàn ông khả nghi.
Trong quá trình điều tra, anh đã bất ngờ bị tấn công bởi Gin, một tên tội phạm nguy hiểm, cùng với đồng bọn Vodka. Sau khi đánh bại Shinichi, Gin đã ép buộc anh uống một loại thuốc độc có tên APTX 4869 với mục đích giết chết anh. Tuy nhiên, loại thuốc này lại có tác dụng phụ bất ngờ, khiến Shinichi biến thành một đứa trẻ.
Sự kiện này đã làm cho Gin không thể thực hiện kế hoạch ban đầu của mình. Sau sự cố đó, Shinichi trở về nhà và lấy tên là Conan Edogawa, theo lời khuyên của người bạn thời thơ ấu, Ran. Giờ đây, Shinichi phải nỗ lực giữ bí mật danh tính thật sự của mình khỏi những người mà anh yêu quý.
Đồng thời, anh cũng tiếp tục điều tra về tổ chức Áo Đen, có liên quan đến vụ tấn công của Gin và Vodka. Hành trình của Conan không chỉ là cuộc phim tâm lý chiến chống lại những kẻ tội phạm mà còn là nỗ lực tìm lại hình dáng ban đầu của mình.
Những tình huống kịch tính và hồi hộp trong phim xem phim lẻ sẽ khiến khán giả không thể rời mắt khỏi màn hình.